Berdasarkan Pergub 97 tahun 2015 tugas dan pokok dari Bapelkes Jogja yaitu merencanakan, melaksanakan dan mengevaluasi pelatihan untuk aparatur dan masyarakat, sehingga “Produk Utama” dari Bapelkes Jogja yaitu pelatihan. Ada beberapa jenis pelatihan yang siap dilaksanakan oleh balai pelatihan kesehatan antara lain: