Sebagai sarana ibadah, Bapelkes menyediakan musholla sebagai salah satu pendukung fasilitas ibadah yang dapat digunakan untuk pegawai, peserta pelatihan, tamu kedinasan, atau siapa saja yang ingin melaksanakan sholat
Ruang laktasi merupakan salah satu ruangan yang merupakan ruangan responsive gender yang ada di Bapelkes Diskes DIY diperuntukkan untuk peserta pelatihan yang sedang membutuhkan untuk menyusui